reprezentarea amănunțită a structurii diverșilor cromozomi și a poziției genelor (locilor) pe baza utilizării observațiilor citologice (microscopice) obținute cu ajutorul dislocațiilor cromozomale induse. Schimbările în structura cromozomilor determină alterări specifice ale relațiilor de linkage, care pot fi detectate precis prin analiza genetică a recombinărilor (prin relevarea frecvenței crossing over-elor care este corelată cu structura cromozomală). Ordinea liniară a genelor este aceeași pentru hărțile citologice și hărțile genetice. Distanțele dintre gene, în cele două tipuri de hărți, pot diferi în măsură apreciabilă. În general, repartiția genelor este mai regulată într-o hartă cilogică decât într-o hartă genetică. Diferențele sunt determinate de distribuția nerandomizată a crossing over-elor și de efectele crossing over-elor duble și a interferenței. Hărțile citologice detaliate se alcătuiesc la speciile care posedă cromozomi mari și diferențiați așa cum sunt cromozomii uriași din glandele salivare ale dipterelor etc.